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- Genea coronata (Pyronemataceae, Pezizales), a cryptic new species in a highly polymorphic genusPablo Alvarado, Jean-Baptiste Perez, Nicolas Van Vooren, Torsten Bernauer, Gunnar Hensel, Markus Scholler (2021): Genea coronata (Pyronemataceae, Pezizales), a cryptic new species in a highly polymorphic genus – Sydowia – 73: 1 - 12.
- Markus Scholler (2018): Erinnerungen an Prof. Hanns Kreisel (1931 bis 2017) – Zeitschrift für Mykologie - Journal of the German Mycological Society – 84_2018: 141 - 151.
- Horst Jage, Friedemann Klenke, Julia Kruse, Volker Kummer, Markus Scholler, Hjalmar Thiel, Marco Thines (2017): Neufunde und bemerkenswerte Bestätigungen phytoparasitischer Kleinpilze in Deutschland - Albuginales (Weißroste) und obligat biotrophe Peronosporales (Falsche Mehltaue) – Schlechtendalia – 33: 1 - 134.
- Markus Scholler, Bernd Miggel, Anja Schneider, Susanne Starke, Martin Schnittler (2016): Terana coerulea in Mecklenburg-Vorpommern: Ein historisch interessanter Beleg aus dem 19. Jahrhundert in den Pilzsammlungen des ehemaligen Greifswalder Universitätsherbariums (KR ex GFW) – Zeitschrift für Mykologie - Journal of the German Mycological Society – 82_2016: 481 - 492.
- Torsten Bernauer, Markus Scholler (2014): Über einige seltene Saftlingsarten (Hygrocybe s.l.) nährstoffarmer Standorte im Stadtgebiet von Karlsruhe – Carolinea - Beiträge zur naturkundlichen Forschung in Südwestdeutschland – 72: 89 - 95.
- Markus Scholler, Ditte Bandini, Georg Schubert, Wulfard Winterhoff (2014): Ein kurzer Überblick über die urbane Pilzflora des Naturschutzgebiets „Alter Flugplatz Karlsruhe“ – Carolinea - Beiträge zur naturkundlichen Forschung in Südwestdeutschland – 72: 137 - 142.
- Markus Scholler, Torsten Bernauer, Charly Ebel, Bernd Migel, Luise Murmann-Kristen, Martin Schnittler (2013): Eine mykologische Bestandsaufnahme des Bannwalds „Wilder See – Hornisgrinde“ (Nordschwarzwald, Baden-Württemberg) – Carolinea - Beiträge zur naturkundlichen Forschung in Südwestdeutschland – 71: 153 - 159.
- Anke Schmidt, Markus Scholler (2012): Studien an Erysiphales-Anamorphen (V): Arten auf Bignoniaceae, Gesneriaceae und Linaceae – Zeitschrift für Mykologie - Journal of the German Mycological Society – 78_2012: 53 - 64.
- Dieter Oberle, Georg Müller, Reinhold Schneider, Peter Sperling, Markus Scholler (2012): Öffentliche Pilzberatung in Karlsruhe früher und heute – Andrias – 19: 155 - 158.
- Markus Scholler (2012): Morcheln, Mykotoxine und Moleküle: Mykologie in Baden-Württemberg – Andrias – 19: 5 - 12.
- Markus Scholler, Verena Hemm, Matthias Lutz (2012): Erysiphe platani: monitoring of an endemic spread in Germany and molecular characterization based on rDNA sequence data – Andrias – 19: 263 - 272.
- Markus Scholler (2012): Leben nach dem Tod: Die Pilzsammlungen des Herbariums des Staatlichen Museums für Naturkunde Karlsruhe (KR) – Andrias – 19: 139 - 143.
- Andreas Bresinsky, Markus Scholler (2012): Buchbesprechungen – Zeitschrift für Mykologie - Journal of the German Mycological Society – 78_2012: 97 - 105.
- Markus Scholler (2010): Ein mykologischer Blick auf Pflanzenfotos in ,,Die Farn- und Blütenpflanzen Baden-Württembergs" von SEBALD et al. (1993 - 1998) – Zeitschrift für Mykologie - Journal of the German Mycological Society – 76_2010: 67 - 74.
- Horst Jage, Markus Scholler, Klenke Friedemann (2010): Phytoparasitische Kleinpilze aus dem bayerischen und baden-württembergischen Allgäu – Andrias – 18: 149 - 191.
- Markus Scholler, Helmut Besl, Andreas Bresinsky (2010): Ergänzungen zur Rostpilzflora Bayerns – Zeitschrift für Mykologie - Journal of the German Mycological Society – 76_2010: 171 - 176.
- Markus Scholler, Udo Richter, Horst Jage (2009): Puccinia lagenophorae in Deutschland: Drei neue Wirtspflanzen – Zeitschrift für Mykologie - Journal of the German Mycological Society – 75_2009: 159 - 162.
- Hanns Kreisel, Markus Scholler (2008): Funde von Stielbovisten (Tulostoma spp.) jenseits des Mittelmeeres – Carolinea - Beiträge zur naturkundlichen Forschung in Südwestdeutschland – 66: 71 - 76.
- Markus Scholler (2008): In memoriam PETER SPERLING † 1934 – 2008 – Carolinea - Beiträge zur naturkundlichen Forschung in Südwestdeutschland – 66: 153 - 154.
- Markus Scholler, Georg Müller (2008): Projekt „Pilzflora von Karlsruhe“ – erste Ergebnisse – Carolinea - Beiträge zur naturkundlichen Forschung in Südwestdeutschland – 66: 87 - 93.
- Markus Scholler (2007): Pflanzenparasitische Kleinpilze aus dem Breitsitterswald bei Pirmasens (Rheinland-Pfalz, Deutschland) – Mitteilungen der POLLICHIA – 93: 41 - 44.
- Anke Schmidt, Markus Scholler (2006): Studies in Erysiphales anamorphs (III): Conidiophore variability in Oidium carpini – Carolinea - Beiträge zur naturkundlichen Forschung in Südwestdeutschland – 64: 119 - 122.
- Markus Scholler (2006): Nachruf auf Dr. Wolfgang Brandenburger (1929-2005) – Carolinea - Beiträge zur naturkundlichen Forschung in Südwestdeutschland – 64: 133 - 136.
- Hans Dieter Zehfuß, Harald Ostrow, Markus Scholler (2006): Pilze in Eschenwäldern und umgebenden Laubholz-Forsten im Breitsitterswald bei Pirmasens-Gersbach - mit einem Beitrag zu obligat-phytoparasitischen Kleinpilzen von M. Scholler – Mitteilungen der POLLICHIA – 92: 87 - 106.
- Mehrdad Abbasi, Markus Scholler (2005): A new species of Tranzschelia (Uredinales) on Prunus mahaleb. – Sydowia – 57: 149 - 153.
- Alan R. Wood, Markus Scholler (2005): Uromyces euryopsidicola sp. nov., a rust species that forms witches`brooms on Euryops (Asteraceae) in South Africa. – Sydowia – 57: 137 - 143.
- Markus Scholler, A. Rubner, Gregor Hagedorn (2000): Arthobotrys oudemansii nom. nov., a new name for a nematode-trapping fungus to avoid homonymy. – Sydowia – 52: 59 - 60.
- Helmuth Schmid, Andreas Gminder, Markus Scholler (1999): BUCHBESPRECHUNGEN – Zeitschrift für Mykologie - Journal of the German Mycological Society – 65_1999: 101 - 103.
- Gregor Hagedorn, Markus Scholler (1999): Areevaluation of predatory orbiliaceous fungi. I. Phylogenetic analysis using rRNA sequence data. – Sydowia – 51: 27 - 48.
- Markus Scholler, Gregor Hagedorn, A. Rubner (1999): A reevaluation of predatory orbiliaceous fungi. II. A new generic concept. – Sydowia – 51: 89 - 113.
- Markus Scholler (1997): Rust Fungi on Bellis perennis in Central Europe: Delimination and distribution. – Sydowia – 49: 174 - 181.
- Die Erysiphales, Pucciniales und Ustilaginales der Vorpommerschen BoddenlandschaftMarkus Scholler (1996): Die Erysiphales, Pucciniales und Ustilaginales der Vorpommerschen Boddenlandschaft – Regensburger Mykologische Schriften – 6: 0 - 0.
- Helmuth Schmid, N.E. Nannenga-Bremekamp, Gerhard Wölfel, Wolfang Helfer, Markus Scholler (1994): Buchbesprechungen – Zeitschrift für Mykologie - Journal of the German Mycological Society – 60_1994: 449 - 454.
- Markus Scholler (1994): Puccinia lagenophorae in Deutschland: Anmerkungen zur Einwanderung, Verbreitung und Ökologie – Verhandlungen des Botanischen Vereins Berlin Brandenburg – 127: 177 - 189.
- Markus Scholler (1994): Ein Beitrag zur Pilzflora der Bahnanlagen in Berlin – Verhandlungen des Botanischen Vereins Berlin Brandenburg – 127: 45 - 57.
- Markus Scholler (1994): Jahrestagung der Gesellschaft für Mykologie und Lichenologie – Boletus - Pilzkundliche Zeitschrift – 18: 128.
- Markus Scholler, Manfred Schubert (1993): Beitrag zur Pilzflora des Peenetals bei Gützkow (Mecklenburg-Vorpommern) – Zeitschrift für Mykologie - Journal of the German Mycological Society – 59_1993: 165 - 180.
- Markus Scholler (1993): Untersuchungen zum Wacholdersterben auf der Fährinsel – Zeitschrift für Mykologie - Journal of the German Mycological Society – 59_1993: 155 - 162.
- Markus Scholler (1992): Puccinia cribrata und Tranzschelia discolor in Mecklenburg-Vorpommern gefunden – Zeitschrift für Mykologie - Journal of the German Mycological Society – 58_1992: 129 - 134.
- Markus Scholler (1992): Julius Münter und seine Sammlungen obligat-phytoparasitischer Pilze im Herbarium Generale der Universität Greifswald (GFW) – Zeitschrift für Mykologie - Journal of the German Mycological Society – 58_1992: 135 - 160.