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- Hans Uhl, Heidelinde Kurz, Herbert Rubenser, Alois Schmalzer (2020): Artenschutzprojekt Heidelerche im Mühlviertel 2018-2020 – Birdlife Österreich - Projektberichte – 19_2020: 1 - 25.
- Ottokar Jindrich, Alois Schmalzer, Josef Trauttmansdorff (2018): Truppenübungsplatz Allentsteig – Vogelschutz in Österreich - Mitteilungen von Birdlife Österreich – 045: 8 - 11.
- Hans Uhl, Alois Schmalzer (2017): Notwendige Maßnahmen zur Erhaltung von Wiesenvogel-Kerngebieten in den SPAs Wiesengebiete im Freiwald und Maltsch – Birdlife Österreich - Projektberichte – 3_2017: 1 - 50.
- Leopold M. Sachslehner, Remo Probst, Alois Schmalzer, Josef Trauttmansdorff (2016): Brutbestand und Bruterfolg des Raubwürgers (Lanius excubitor) in Niederösterreich von 2000-2015 – Vogelkundliche Nachrichten aus Ostösterreich – 0027_1-4: 1 - 9.
- Leopold M. Sachslehner, Benjamin Watzl, Alois Schmalzer, Josef Trauttmansdorff (2016): Die Kornweihe (Circus cyaneus) als Brutvogel in Niederösterreich –eine besonders schwierige Art – Vogelkundliche Nachrichten aus Ostösterreich – 0027_1-4: 10 - 24.
- Leopold M. Sachslehner, Hansjörg Lauermann, Friedrich Gubi, Kazue Sachslehner, Alois Schmalzer, Josef Trauttmansdorff, Josef Kugler, Doris Walter (2014): Die Brutpopulation der Wiesenweihe Circus pygargus (Linnaeus 1758) im nordöstlichen Waldviertel (Niederösterreich) 2000-2011. – Egretta – 53: 75 - 91.
- Leopold M. Sachslehner, Alois Schmalzer (2011): Heidelerchen (Lullula arborea) meiden im Waldviertel Zusammenlegungsgebiete. – Vogelkundliche Nachrichten aus Ostösterreich – 0022_3-4: 9 - 17.
- Leopold M. Sachslehner, Alois Schmalzer (2011): Zur langjährigen Nutzung der Lindenallee bei Speisendorf (Waldviertel, Niederösterreich) durch die Vogelwelt. – Wissenschaftliche Mitteilungen Niederösterreichisches Landesmuseum – 22: 383 - 406.
- Hans Uhl, Johannes Frühauf, Hubert Krieger, Herbert Rubenser, Alois Schmalzer (2009): HEIDELERCHE (Lullula arborea) IM MÜHLVIERTEL ERHEBUNG DER BRUTVORKOMMEN UND ARTENSCHUTZPROJEKT 2007 – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 017ab: 13 - 44.
- Hans Uhl, Alois Schmalzer, Jürgen Pollheimer, Alexander Schuster (2009): Managementplan für das Europaschutzgebiet. "Wiesengebiete im Freiwald" AT3124000. Endbericht 2009. – Gutachten Naturschutzabteilung Oberösterreich – 0651: 1 - 154.
- Michael Hohla, Oliver Stöhr, Gerald Brandstätter, Josef Danner, Wolfgang Diewald, Franz Essl, Hermann Fiereder, Franz Grims, Franz Höglinger, Gerhard Kleesadl, P. Amand Gerhard Kraml, Ferdinand Lenglachner, Albin Lugmair, Kurt Nadler, Harald Niklfeld, Alois Schmalzer, Luise Schratt-Ehrendorfer, Christian Schröck, Michael Strauch, Helmut Wittmann (2009): Katalog und Rote Liste der Gefäßpflanzen Oberösterreichs – Stapfia – 0091: 1 - 324.
- Alois Schmalzer (2008): Artenschutzprogramm Wachtelkönig in OÖ. Kartierung der Vorkommensschwerpunkte des Wachtelkönigs innerhalb der Vogelschutzgebiete Maltsch und Freiwald. Projektbericht 2008. – Gutachten Naturschutzabteilung Oberösterreich – 0239: 1 - 22.
- Helmut Steiner, Alois Schmalzer, Norbert Pühringer (2007): Limitierende Faktoren für alpine Raufußhuhn-Populationen Management-Grundlagen nach Untersuchungen im Nationalpark Kalkalpen – Denisia – 0021: 1 - 148.
- Alois Schmalzer (2007): Artenschutzprogramm Wachtelkönig in OÖ. Kartierung der Vorkommensschwerpunkte des Wachtelkönigs innerhalb der Vogelschutzgebiete Maltsch und Freiwald. Projektbericht 2007. – Gutachten Naturschutzabteilung Oberösterreich – 0238: 1 - 24.
- Schutz für Raufußhühner - aber wie?Helmut Steiner, Alois Schmalzer, Norbert Pühringer (2005): Schutz für Raufußhühner - aber wie? – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 013a: 1 - 32.
- Helmut Steiner, Alois Schmalzer, Norbert Pühringer (2005): Neue Grundlagen für den Auerhuhn-Schutz – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 2005_3: 27 - 32.
- Alois Schmalzer, Erwin Hauser (2005): Die Schmetterlingssammlung von Heinrich Steindl (15.3.1952 - 27.6.2003) aus Schönau i. M. (Oberösterreich) – Beiträge zur Naturkunde Oberösterreichs – 0014: 451 - 454.
- Libor Schropfer, Leopold M. Sachslehner, Alois Schmalzer (2004): Vysel novy ornitologicky casopis - Sluka: Die Brutpopulation des Raubwürgers (Lanius excubitor) im nördlichen Waldviertel Niederösterreich) - Bestandsschwankungen, Revier-Besetzungskonstanz und Bruterfolg 1995-2003 – Publikationen Otto Koenig Institut – 5: 1 - 13.
- Leopold M. Sachslehner, Alois Schmalzer, Remo Probst (2004): The breeding population of the Great Grey Shrike (Lanius excubitor) in Austria, 1995-2003 – Publikationen Otto Koenig Institut – 6: 1 - 12.
- Werner Weißmair, Franz Essl, Alois Schmalzer, Maria Schwarz-Waubke (2004): Kommentierte Checkliste der Heuschrecken und Fangschrecken (Insecta: Saltatoria, Mantodea) Oberösterreichs. – Beiträge zur Naturkunde Oberösterreichs – 0013: 5 - 42.
- Alois Schmalzer (2003): Birkhuhn – Denisia – 0007: 184 - 185.
- Alois Schmalzer, Herbert Rubenser (2003): Heidelerche – Denisia – 0007: 282 - 283.
- Hans Uhl, Axel Hagenberger, Erwin Hauser, Simonetta Siligato, Clemens Gumpinger, Alois Schmalzer, Werner Weissmair, Alena Vydrová, Vít Grulich, Vlasta Maténová, Jiri Flicek, Jaroslav Hruska, Jiri Pykal (2003): Landschaftspläne Europaschutzgebiet Maltsch. Erhebungsergebnisse und Vorschläge zum Management – WWF Studien, Broschüren und sonstige Druckmedien – 138_2003: 1 - 122.
- Klaus Michalek, Jürgen A. Auer, Hermann Großberger, Alois Schmalzer, Hans Winkler (2001): Die Einflüsse von Lebensraum, Witterung und Waldbewirtschaftung auf die Brutdichte von Bunt- und Mittelspecht (Picoides major und P. medius) im Wienerwald – Abhandlungen und Berichte aus dem Museum Heineanum – SH_5: 31 - 58.
- Neue Lösungsansätze zur Gestaltung und Nutzung von Freilandtrassen nach ökologischen und…Leopold M. Sachslehner, Alois Schmalzer, H. P. Kollar, M. Seiter (1999): Neue Lösungsansätze zur Gestaltung und Nutzung von Freilandtrassen nach ökologischen und ökonomischen Gesichtspunkten. – Schriftenreihe der Forschung im Verbund (Wien) – 54: 93.
- Alois Schmalzer (1996): Das Birkhuhn im nordöstlichen Mühlviertel – Gutachten Naturschutzabteilung Oberösterreich – 0071: 1 - 32.
- Bemerkenswert hohe Funde einiger Kurzfühler-Heuschrecken (Acrididae, Orthoptera) der…Leopold M. Sachslehner, Alois Schmalzer (1995): Bemerkenswert hohe Funde einiger Kurzfühler-Heuschrecken (Acrididae, Orthoptera) der Unterfamilie Gomphocerinae aus den Hohen Tauern Kärntens. – Carinthia II. Mitteilungen des Naturhistorischen Landesmuseums fuer Kaernten. Sonderhefte No.(1) 1930- – 185/105: 527 - 534.
- Leopold M. Sachslehner, Alois Schmalzer (1995): Bemerkenswert hohe Funde einiger Kurzfühler-Heuschrecken (Acrididae, Orthoptera) der Unterfamilie Gomphocerinae aus den Hohen Tauern Kärntens – Carinthia II – 185_105: 527 - 534.
- Zur Situation einer Birkhuhnrestpopulation im österreichischen Anteil der Böhmischen Masse…Alois Schmalzer (1995): Zur Situation einer Birkhuhnrestpopulation im österreichischen Anteil der Böhmischen Masse (Mühl- und Waldviertel) – Naturschutzreport Jena – 10_1995: 195 - 201.
- Leopold M. Sachslehner, Alois Schmalzer (1994): Ein Ende September schnurrender Ziegenmelker (Caprimulgus europaeus) in westlichen Waldviertel (Niederösterreich). – Egretta – 37_2: 94 - 95.
- Alois Schmalzer (1993): Ornithologische Bestandserhebungen entlang der Grenze an der Maltsch. Endbericht. - Unveröffentlichtes Gutachten im Auftrag des Amtes der Oberösterreichischen Landesregierung, Abt. Naturschutz – Gutachten Naturschutzabteilung Oberösterreich – 0133: 1 - 50.
- Alois Schmalzer (1988): Wiesenvögel im Mühlviertel - wie lange noch?. – Kataloge des OÖ. Landesmuseums – MUE_88: 195 - 198.
- Alois Schmalzer (1988): Birkhühner im Mühlviertel - Aufstieg und Untergang. – Kataloge des OÖ. Landesmuseums – MUE_88: 199 - 204.