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- Werner Weißmair (2023): CORVIDEN-MONITORING IN OBERÖSTERREICH 2009 BIS 2021 – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 030: 103 - 126.
- Martin Brader, Jürgen Plass, Clemens Ratschan, Stephan Weigl, Werner Weißmair, Gerald Zauner (2022): Liste der Wirbeltiere Oberösterreichs 8. Fassung – Linzer biologische Beiträge – 0054_1: 1 - 62.
- Werner Weißmair, Hubert Rausch, Renate Rausch (2021): Raphidioptera (Kamelhalsfliegen) in ausgewählten Streuobstkulturen in Oberösterreich – Entomologica Austriaca – 0028: 43 - 56.
- Werner Weißmair, Johannes Schied (2020): Erstnachweis der Gestreiften Sumpfgrille, Pteronemobius lineolatus (Brull é, 1835) (Orthoptera), für Österreich – Beiträge zur Entomofaunistik – 21: 232 - 235.
- Werner Weißmair (2019): DER GÄNSESÄGER (Mergus merganser) IN OBERÖSTERREICH – BRUTBESTAND 2016/2017 UND WINTERBESTÄNDE 1996–20161 – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 027: 3 - 35.
- Werner Weißmair (2019): ZUM MAUERLÄUFER (Tichodroma muraria) IM NATIONALPARK KALKALPEN – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 027: 85 - 93.
- Werner Weißmair (2019): SYSTEMATISCHE BIRKHUHN-ERHEBUNG IM EUROPASCHUTZGEBIET DACHSTEIN IM JAHR 20101 – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 027: 55 - 64.
- Werner Weißmair (2019): Editorial – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 027: 1.
- Werner Weißmair (2018): EDITORIAL, Liebe Leserin, lieber Leser! – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 026: 1.
- Georg Bieringer, Werner Weißmair (2017): Gefährdung und Schutz der Heuschrecken in Österreich – Denisia – 0039: 161 - 180.
- Werner Weißmair (2017): Ornithologische Kurzmitteilungen aus Oberösterreich 2017 – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 025: 65 - 68.
- Werner Weißmair (2016): EDITORIAL – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 024: 1 - 2.
- Werner Weißmair (2016): ZÄHLUNG VON PISCIVOREN VOGELARTEN AN DER UNTEREN STEYR IN DEN WINTERHALBJAHREN 2014/2015 UND 2015/20161 – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 024: 3 - 24.
- Hans Uhl, Michael Dvorak, Norbert Pühringer, Werner Weißmair, Gábor Wichmann (2016): Basiserhebung für ein ornithologisches Monitoring der Waldvogelarten in den Natura 2000 Gebieten Steirisches Dachstein-Plateau und Totes Gebirge – Birdlife Österreich - Projektberichte – 12_2016: 1 - 32.
- Erich Weigand, Andreas Eckelt, Gregor Degasperi, Heinz Mitter, Werner Weißmair, Guido Reiter, Peter Huemer, Christian Fuxjäger, Herbert Kerschbaumsteiner (2016): Fauna – Besonderheiten des Schutzgebietes – Nationalpark Kalkalpen - Schriftenreihe – 16: 75 - 100.
- Andreas Martin Maletzky, Werner Weißmair (2016): Amphibien und Reptilien im Garten – Gutachten Naturschutzabteilung Oberösterreich – 0837: 1 - 24.
- Albin Lugmair, Andreas Martin Maletzky, Thomas Mörtelmaier, Johannes Moser, Alexander Schuster, Werner Weißmair (2016): Wechselkröte, Gelbbauchunke und Laubfrosch in Abbaugebieten - Leitfaden – Gutachten Naturschutzabteilung Oberösterreich – 0838: 1 - 2.
- Martin Brader, Jürgen Plass, Clemens Ratschan, Stephan Weigl, Werner Weißmair, Gerald Zauner (2016): Liste der Wirbeltiere Oberösterreichs – Linzer biologische Beiträge – 0048_1: 327 - 380.
- Werner Weißmair, Norbert Pühringer (2015): Population density and habitat selection of woodpeckers in mountain forests of the Northern Limestone Alps (Austria) – Denisia – 0036: 113 - 134.
- Werner Weißmair (2015): Editoral – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 023: 1.
- Hans Uhl, Norbert Pühringer, Werner Weißmair, Gábor Wichmann (2015): Erhebung und Bewertung der Talboden-Avifauna ausgewählter Gebiete des Mitterndorfer Biotopverbundes und des Ödensees – Birdlife Österreich - Projektberichte – 10_2015: 1 - 25.
- Hans Uhl, Norbert Pühringer, Werner Weißmair, Gábor Wichmann (2015): Erhebungen von Spechten und anderen Schutzgutarten im Natura 2000 Gebiet „Steirisches Dachstein-Plateau“ – Birdlife Österreich - Projektberichte – 13_2015: 1 - 29.
- Werner Weißmair, Martin Brader (2014): BERICHT ÜBER DAS WINTERLICHE GREIFVOGELMONITORING AUF DER ÖSTLICHEN TRAUN-ENNS-PLATTE, OBERÖSTERREICH, VON 2003/04 BIS 2013/14 – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 022: 33 - 46.
Anton [Toni] Koschuh, Werner Weißmair (2013): Die Gebirgs-Beißschrecke Metrioptera saussuriana (FREY-GESSNER, 1872) (Orthoptera: Ensifera) in den Eisenerzer Alpen, ein Erstnachweis für die Steiermark. – Joannea Zoologie – 12: 105 - 116.- Gerhard Aubrecht, Martin Brader, Jürgen Plass, Clemens Ratschan, Werner Weißmair (2013): Bibliografie der Wirbeltiere (Vertebrata) Oberösterreichs (2003-2012) – Beiträge zur Naturkunde Oberösterreichs – 0023_2: 923 - 988.
Werner Weißmair (2012): EDITORIAL – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 020ab: 1 - 2.
Werner Weißmair, Heidelinde Kurz (2012): ZUR BESTANDSSITUATION DES WENDEHALSES (Jynx torquilla) IN OBERÖSTERREICH VON 2002-2012 – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 020ab: 49 - 64.
Gábor Wichmann, Hans Uhl, Werner Weißmair (2012): Das Konfliktpotenzial zwischen Windkraftnutzung und Vogelschutz in Oberösterreich - Studie zur Erarbeitung von Tabu- und Vorbehaltszonen – Publikationen, diverse Informationen Umweltanwaltschaft Oberösterreich – 48: 1 - 94.
Werner Weißmair, Hans Uhl (2012): SIEDLUNGSDICHTE VON ELSTER (Pica pica) UND RABENKRÄHE (Corvus corone corone) AUF AUSGEWÄHLTEN PROBEFLÄCHEN IN OBERÖSTERREICH – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 020ab: 25 - 48.
Hans Uhl, Werner Weißmair (2012): ARTENSCHUTZPROJEKT FLUSSUFERLÄUFER (Actitis hypoleucos) IN OBERÖSTERREICH 2010 MIT ANMERKUNGEN ZUM FLUSSREGENPFEIFER (Charadrius dubius) – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 020ab: 93 - 122.- Werner Weißmair, Clemens Gumpinger (2012): Aktuelles zum Artenschutzprojekt Edelkrebs in Oberösterreich. – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 2012_3: 13 - 18.
Werner Weißmair (2011): Editorial. – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 019ab: 1 - 2.
Werner Weißmair (2011): AUSSERGEWÖHNLICHE BRUTEN IN OBERÖSTERREICH - TEIL II – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 019ab: 97 - 99.
Werner Weißmair (2011): Buchbesprechung: Atlas der Brutvögel Voralbergs – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 019ab: 183 - 186.
Werner Weißmair (2011): Heuschreckenatlas Österreich - Bitte um Mitarbeit! – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 019ab: 187.
Werner Weißmair (2011): SIEDLUNGSDICHTEN VON SPECHTEN IN OBERÖSTERREICH – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 019ab: 3 - 26.
Werner Weißmair (2011): Kurz notiert: – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 019ab: 191.
Werner Weißmair (2011): Systematische Birkhuhn-Erhebung Europaschutzgebiet Dachstein 2010. – Gutachten Naturschutzabteilung Oberösterreich – 0241: 1 - 12.
Werner Weißmair, Martin Pollheimer, Alexander Schuster (2011): Managementplan für das Europaschutzgebiet. "Untere Traun" AT3113000. – Gutachten Naturschutzabteilung Oberösterreich – 0649: 1 - 270.
Gerhard Aubrecht, Martin Brader, Jürgen Plass, Clemens Ratschan, Werner Weißmair, Gerald Zauner (2011): Liste der Wirbeltiere Oberösterreichs – Beiträge zur Naturkunde Oberösterreichs – 0021: 3 - 53.- Werner Weißmair (2010): Sisyra bureschi und S. dalli (Neuroptera, Sisyridae) neu in Südwest-Deutschland und weitere Beiträge zur Faunistik und Ökologie. – Entomologische Nachrichten und Berichte – 54: 207 - 212.
Hans Uhl, Werner Weißmair (2010): Artenschutzprojekt Flussuferläufer in Oberösterreich 2010. Projektbericht. – Gutachten Naturschutzabteilung Oberösterreich – 0260: 1 - 55.
Werner Weißmair (2009): Der Höhengrashüpfer Chorthippus alticola rammei (EBNER, 1928) (Orthoptera) auch in den Niederen Tauern. – Beiträge zur Entomofaunistik – 10: 141 - 145.- Werner Weißmair, Herbert Rubenser (2009): Die Spechte im Europaschutzgebiet Traun-Donau-Auen. – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 2009_1: 3 - 12.
Werner Weißmair, Cornelia Gigl (2009): Habitatnutzung und Siedlungsdichten von Dreizehenspecht Picoides tridactylus (Linnaeus 1758) und Buntspecht Dendrocopos major (Linnaeus 1758) in den Nördlichen Kalkalpen (Oberösterreich). – Egretta – 50: 2 - 13.- Werner Weißmair (2009): Eulen und Spechte im Europaschutzgebiet Dachstein – Nationalpark Kalkalpen - Schriftenreihe – 10: 35 - 37.
Werner Weißmair (2008): Berichte zum Vogelschutz 44 (2007) – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 016b: 179 - 180.
Werner Weißmair (2008): Neuer Fund des Höhengrashüpfers Chorthippus alticola rammei (EBNER 1928) im Toten Gebirge, Steiermark (Orthoptera). – Beiträge zur Entomofaunistik – 9: 186 - 188.
Werner Weißmair (2008): Hoch gelegener Fund der Großen Schiefkopfschrecke in der Steiermark (Orthoptera). – Beiträge zur Entomofaunistik – 9: 189 - 190.
Johannes Moser, Werner Weißmair (2008): Buchbesprechung: Atlas der Amphibien und Reptilien Oberösterreichs – Berichte des naturwissenschaftlichen-medizinischen Verein Innsbruck – 95: 140 - 141.
Werner Weißmair (2008): Ergebnisse – Denisia – 0022: 37 - 44.
Werner Weißmair (2008): Wechselkröte – Denisia – 0022: 80 - 81.
Werner Weißmair (2008): Buchstaben-Schmuckschildkröte – Denisia – 0022: 84 - 85.
Werner Weißmair (2008): Amphibienschutz an Straßen – Denisia – 0022: 113 - 120.
Werner Weißmair (2008): Zur Geologie von Oberösterreich – Denisia – 0022: 13 - 16.
Werner Weißmair (2008): Zum Klima von Oberösterreich – Denisia – 0022: 17 - 20.
Werner Weißmair (2008): Methode und Datenquellen – Denisia – 0022: 29 - 36.
Werner Weißmair (2008): Zur herpetofaunistischen Erforschung von Oberösterreich – Denisia – 0022: 21 - 28.
Werner Weißmair (2008): Alpensalamander – Denisia – 0022: 48 - 49.
Werner Weißmair (2008): Hinweise zur Benutzung der Arttexte und Verbreitungskarten – Denisia – 0022: 45 - 47.
Werner Weißmair (2008): Artenkreis Kammmolch – Denisia – 0022: 56 - 59.
Werner Weißmair (2008): Europäischer Laubfrosch – Denisia – 0022: 76 - 77.
Werner Weißmair (2008): Europäische Sumpfschildkröte – Denisia – 0022: 82 - 83.
Werner Weißmair (2008): Wasserfrosch-Artenkreis – Denisia – 0022: 66 - 69.
Werner Weißmair (2008): Rotbauchunke – Denisia – 0022: 60 - 61.
Werner Weißmair (2008): Bergmolch – Denisia – 0022: 52 - 53.
Werner Weißmair (2008): Knoblauchkröte – Denisia – 0022: 64 - 65.
Werner Weißmair (2008): Gelbbauchunke – Denisia – 0022: 62 - 63.
Werner Weißmair (2008): Teichmolch – Denisia – 0022: 54 - 55.
Werner Weißmair (2008): Kreuzotter – Denisia – 0022: 104 - 105.
Stephan Weigl, Werner Weißmair, Herbert Rubenser, Harald Pfleger (2008): ORNITHOLOGISCHE VIERLÄNDEREXKURSION NACH WESTUNGARN IM MAI 2008 – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 016b: 151 - 158.
Werner Weißmair, Norbert Pühringer, Hans Uhl, Harald Pfleger (2008): Europaschutzgebiet Dachstein. AT 3101000 Brutvorkommen gefährdeter Wald bewohnender Gebirgsvogelarten im SPA Dachstein. Endbericht. – Gutachten Naturschutzabteilung Oberösterreich – 0249: 1 - 68.
Werner Weißmair (2008): Truppenübungsplatz (TÜPl) Ramsau/Molln & Treffling/Linz. Garnisonübungsplatz (GÜPl) Hessenkaserne Wels. Amphibienschutz- und tierökologische Managementmaßnahmen. Endbericht für das Jahr 2007. – Gutachten Naturschutzabteilung Oberösterreich – 0253: 1 - 18.
Werner Weißmair (2007): KURIOSE UND BEMERKENSWERTE BRUTEN UND BRUTVERSUCHE IN OBERÖSTERREICH - TEIL I – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 015b: 167 - 170.- Werner Weißmair (2007): Die Amphibienfauna des Europaschutzgebietes Traun- Donau- Auen (33 Abbildungen, 6 Tabellen) – Berichte für Ökologie und Naturschutz der Stadt Linz – 1: 125 - 168.
- Werner Weißmair (2007): Vergleich der Amphibienbestände im Europaschutzgebiet Traun-Donau- Auen 1998 und 2006 – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 2007_03: 17 - 24.
Erwin Hauser, Werner Weißmair (2007): Natur und Landschaft - Leitbilder für Oberösterreich: Tierarten der NaLa-Raumeinheiten 2007 – Gutachten Naturschutzabteilung Oberösterreich – 0166: 1 - 59.
Hubert Rausch, Werner Weißmair (2007): Sisyra bureschi nov.sp. und S. corona nov.sp. - zwei neue Schwammhafte und Beiträge zur Faunistik der Sisyridae (Insecta, Neuroptera) Südosteuropas – Linzer biologische Beiträge – 0039_2: 1129 - 1149.
Clemens Gumpinger, Werner Weißmair (2007): Artenschutzprojekt Edelkrebs (Astacus astacus LINNAEUS 1758) (Decapoda, Astacidae) - Bestandserhebung und Wiederansiedelung in ausgewählten Gewässern des Oberen Innviertels – Beiträge zur Naturkunde Oberösterreichs – 0017: 349 - 366.
Gerhard Aubrecht, Martin Brader, Jürgen Plass, Clemens Ratschan, Werner Weißmair, Gerald Zauner (2007): Liste der Wirbeltiere Oberösterreichs – Beiträge zur Naturkunde Oberösterreichs – 0017: 5 - 53.
Martin Brader, Werner Weißmair (2006): ZWISCHENBERICHT DES WINTERLICHEN GREIFVOGELMONITORINGS AUF DER ÖSTLICHEN TRAUNENNS- PLATTE, OBERÖSTERREICH, VON 2003/04 BIS 2005/06 – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 014b: 169 - 174.
Martin Brader, Werner Weißmair (2006): CORVIDEN-SCHLAFPLATZZÄHLUNGEN IN STEYR (OBERÖSTERREICH) IM HERBST 2003 UND 2004 – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 014b: 175 - 178.- Erstnachweis des Höhengrashüpfers (Chorthippus alticola rammei Ebner) aus Oberösterreich, der…
Werner Weißmair, Alexander Schuster (2006): Erstnachweis des Höhengrashüpfers (Chorthippus alticola rammei Ebner) aus Oberösterreich, der Steiermark und den Nördlichen Kalkalpen (Insecta: Orthoptera: Caelifera). – Beiträge zur Entomofaunistik – 7: 63 - 68. 
Werner Weißmair, Alexander Schuster (2006): Erstnachweis des Höhengrashüpfers (Chorthippus alticola rammei EBNER) aus Oberösterreich, der Steiermark und den Nördlichen Kalkalpen (Insecta: Orthoptera: Caelifera). – Beiträge zur Entomofaunistik – 7: 63 - 68.
Stephan Weigl, Werner Weißmair (2006): ORNITHOLOGISCHE VIERLÄNDEREXKURSION AUF DEN DACHSTEIN, OBERÖSTERREICH – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 014b: 179 - 186.
Werner Weißmair (2005): Schwammhafte (Insekta: Neuroptera: Sisyridae) - Parasiten der Moostiere (Bryozoa) / Spongilla-flies (Insecta: Neuroptera: Sisyridae) - parasites of Bryozoa. – Denisia – 0016: 299 - 304.
Johann Blumenschein, Werner Weißmair (2004): Bemerkenswertes Vorkommen einer Europäischen Sumpfschildkröte (Emys orbicularis) in einem Bombentrichter-Tümpel in Steyr (Oberösterreich). – Beiträge zur Naturkunde Oberösterreichs – 0013: 47 - 50.
Werner Weißmair (2004): Gewässer-Überwinterung des Springfrosches Rana dalmatina in Oberösterreich. – Beiträge zur Naturkunde Oberösterreichs – 0013: 43 - 46.
Werner Weißmair, Cornelia Gigl, Norbert Pühringer (2004): Erlenzeisig (Carduelis spinus) verfängt sich im Laich des Grasfrosches (Rana temporaria) // Siskin (Carduelis spinus) entangles in a spawn of the grass frog (Rana temporaria) – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 012b: 35 - 36.
Werner Weißmair, Martin Plasser (2004): Zur Vogelwelt der Haller Mauern in Oberösterreich // Birds of "Haller Mauern" in Upper-Austria – Vogelkundliche Nachrichten aus Oberösterreich, Naturschutz aktuell – 012a: 29 - 50.- Die Gelbbauchunke: eine gefährdete Amphibienart kurzlebiger KleingewässerAlexander Schuster, Werner Weißmair (2004): Die Gelbbauchunke: eine gefährdete Amphibienart kurzlebiger Kleingewässer – Informativ. Ein Magazin des Naturschutzbundes Oberösterreich – 34: 14 - 15.
Werner Weißmair (2004): Der Schmetterlingshaft Libelloides macaronius (Scopoli 1763) (Insecta: Neuroptera: Ascalaphidae) in den Ennstaler Voralpen (Oberösterreich): Verbreitung - Schutz - Management – Denisia – 0013: 269 - 275.
Erwin Hauser, Werner Weißmair (2004): Natur und Landschaft - Leitbilder für Oberösterreich: Tierarten der NaLa-Raumeinheiten 2004 und Nachbearbeitung der Raumeinheiten 2002. - Unveröffentlichtes Gutachten des Amtes der Oberösterreichischen Landesregierung, Abt. Naturschutz – Gutachten Naturschutzabteilung Oberösterreich – 0115: 1 - 120.
Werner Weißmair, Franz Essl, Alois Schmalzer, Maria Schwarz-Waubke (2004): Kommentierte Checkliste der Heuschrecken und Fangschrecken (Insecta: Saltatoria, Mantodea) Oberösterreichs. – Beiträge zur Naturkunde Oberösterreichs – 0013: 5 - 42.
Werner Weißmair, Johannes Moser (2003): Flusskrebse in Oberösterreich – ÖKO.L Zeitschrift für Ökologie, Natur- und Umweltschutz – 2003_2: 26 - 30.
Werner Weißmair (2003): Heckenbraunelle – Denisia – 0007: 310 - 311.
Werner Weißmair, Peter Hochrathner (2003): Bergpieper – Denisia – 0007: 298 - 299.
Werner Weißmair (2003): Grünling – Denisia – 0007: 436 - 437.
Werner Weißmair (2003): Ringeltaube – Denisia – 0007: 232 - 233.
Werner Weißmair (2003): Alpenschneehuhn – Denisia – 0007: 182 - 183.
